とても便利な機能ですが…
Illustratorで作成したaiファイルを開いた時に、そのファイル内で設定されたフォントが現在使っているパソコンに無い時に代替フォントが自動的に設定されます。
よくあるパターンとしては、MACで作成したアウトラインしていないファイルをWindowsで開いたりすると(またはその逆)ファイルを開いた時に設定されたフォントが無いので違うフォントで代替されたというメッセージが出て来ます。
代替フォントが設定されても元のフォントとしての情報は残っていますので、設定されたフォントを持つパソコンで開けば当然元の設定のフォントが表示されます。
但し代替フォントが設定された時に編集すると、編集の仕方によっては文字のレイアウトが崩れて表示されたりする事もあるので注意が必要です。
文字ボックスを設定した文字列の場合は特に代替フォントの時に編集して、元のフォントで表示させるとレイアウト崩れに成りやすいので注意です。
個々のフォントによって字の大きさ等が微妙に違いますので、長い文字の編集になればなるほどレイアウトが崩れてくる可能性が高くなります。
多少でしたらレイアウトに影響が出るという事も無いかもしれませんが、基本的に代替フォントで表示されている場合は編集を行わない方が無難です。
若しくはどうしても大元のフォントが用意出来ない時は現在持っているフォントで再編集をした方がレイアウト崩れの心配等が無くなりますので、そちらの方が確実という場合もあります。
その時の状況で選択を変えてみるのが一番いい方法ですね。